Os índios reagiram de formas diversas à presença dos colonizadores e à chegada de invasores, como os holandeses e franceses. Veja abaixo algumas das formas de reação.

Alianças com os colonizadores

O apoio indígena foi decisivo para o triunfo da colonização portuguesa.

Com este apoio, entretanto, as lideranças indígenas tinham seus próprios objetivos: lutar contra seus inimigos tradicionais, que, por sua vez, também se aliavam aos inimigos dos portugueses (franceses e holandeses) por idênticas razões. Abaixo estão exemplos das alianças com os portugueses:

• guerreiros temiminós liderados por Arariboia se aliaram aos portugueses para derrotar os franceses na baía de Guanabara, em 1560, que recebiam apoio dos Tamoios.
• chefe tupiniquim Tibiriçá, valioso para o avanço português na região de São Vicente e no planalto de Piratininga, combatia rivais da própria "nação" Tupiniquim e os "Tapuias" Guaianás, além de escravizar os Carijó para os portugueses.
• o chefe potiguar Zorobabé, na Paraíba e Rio Grande do Norte, aliou-se aos franceses, em fins do século XVI, e aos portugueses, tendo sido recrutado para combater os Aymoré na Bahia e até para reprimir os nascentes quilombos de escravos africanos.
• o potiguar Felipe Camarão, a mais notável das lideranças indígenas no contexto das guerras pernambucanas contra os holandeses no século XVII. Camarão combateu os flamengos, os Tapuias e os próprios "potiguares" que, ao contrário dele, se bandearam para o lado holandês, recebendo, por isso, o título de Cavaleiro da Ordem de Cristo, o privilégio de ser chamado de "Dom" e pensões régias, entre outros privilégios. Diversas lideranças pró-lusitanas receberiam antes e depois de Camarão privilégios similares, criando-se no Brasil autênticas linhagens de chefes indígenas nobilitados pela Coroa por sua lealdade a Portugal.

Hans StadenViajante alemão, aventureiro e herói-viajante, esteve no Brasil no século XVI. Tendo sido confundido pelos Tupinambás com português e inimigo, foi preso, ameaçado de morte e devoração canibal. (BELUZZO, A. M. de M. Brasil dos Viajantes. São Paulo: Metalivros e Editora Objetiva, 1999.).

Resistência aos colonizadores

Alguns grupos moveram inúmeros ataques aos núcleos de povoamento portugueses. Dentre estes, os Aymoré, posteriormente chamados de Botocudos, foram um permanente flagelo para os colonizadores durante o século XVI, na Bahia.

Entre os episódios célebres de resistência ou represália, ficaram registrados:

• o do donatário da Bahia, Francisco Pereira Coutinho, devorado pelos Tupiniquim, em 1547;
• o do jesuíta Pero Correa, devorado pelos Carijó, nas bandas de São Vicente, em 1554;
• o do primeiro bispo do Brasil, D.Pedro Fernandes Sardinha, em 1556, devorado pelos Caeté, após naufragar no litoral nordestino.

Alianças com invasores contra os colonizadores

"Nações" inteiras optaram por se aliarem aos inimigos dos portugueses. Por exemplo:

• os Tamoio, no Rio de Janeiro, fortes aliados dos franceses nas guerras dos anos 1550-60;
• os Potiguar, boa parte deles resistiu com os franceses durante algum tempo na Paraíba e atual Rio Grande do Norte, e por ocasião das invasões holandesesas em Pernambuco, onde forneceram auxílio aos flamengos, celebrizando lideranças como a de Pedro Poti e de Antônio Paraupaba.

Jean de LéryViajante europeu que, em sua viagem ao Brasil em 1556, conviveu com os índios Tupinambás. Ao desenhar os índios, desejava revelar a ornamentação facial com pedras, expor as marcas de guerra para mostrar a bravura do nativo. (BELUZZO, A. M. de M. Brasil dos Viajantes. São Paulo: Metalivros e Editora Objetiva, 1999.).